暗部增设暗部部长及副部长，成为这段时间木叶忍者瞩目的焦点新闻。暗部部长成为直接对火影负责，统领暗部各层级的最高管理者。
第一任暗部部长将由现任四位部队长中任命。宇智波富岳与水门会谈时，极力主张止水是四位暗部部队长中战绩卓越、统领能力出sE的部队长。宇智波富岳认为，卡卡西虽然战绩卓越却太年轻，资历不如止水。
水门和富岳皆暗中寻求各个家族长老支持，一时之间，两人都没有把握在长老会议上占有压倒X优势。正式的暗部改制因此延宕，双方都没有提出召开选定暗部部长的正式长老会议。
同时，宇智波富岳在定期长老会议中提出动议，他认为暗部招收宇智波家族的人数限制应该取消，木叶村和平的时代已经来临，没有理由惟独限制宇智波一族加入暗部的人数。
「宇智波壮大的程度令各个家族敬畏，很多长老保持中立。即使是私下会面表达支持，在长老会议上也不敢轻易表态。」水门在火影办公室内与三代、自来也、卡卡西、穗会面。
「这是关键时刻啊…」三代x1一口菸斗，吐出烟雾：「村子确实b过去更加团结，不再对宇智波处处忌惮。过去，忌讳宇智波的最大声量是来自於团藏，现在团藏退出长老会议，长老们的态度变得不可捉m0。」
「宇智波拥有坚强的警务系统，暗部里也有许多宇智波菁英。火影虽然拥有暗部的直辖势力，暗部已经被宇智波渗透，如今暗部部长又有可能由宇智波族人接任。」水门叹口气道：「长老们都不想得罪在未来可能真正掌控村子的宇智波。」
“宇智波掌握村中命脉又会如何呢？宇智波不可能永远与木叶其他忍者画清界限，由谁掌权完全是个爽不爽快的问题。止水如果当上暗部部长，下一任火影很有可能就是止水。卡卡西不会当上火影，这样很好。”穗暗想。
这些想法她不会说出口，也不愿意违背火影直系人马的意志。
三代、水门皱眉思索，自来也低头沉思却表情怪异，卡卡西半脸在面罩下则完全看不出表情。
事情发展成今天这样，多少是由於穗在数年前推波助澜。
「这就是所谓环环相扣啊。长老们越是害怕宇智波，宇智波就越有可能真正掌权。」自来也道。
「火影拥有最终决定的力量，到了必要时刻，水门你必须强势起来。」三代转向水门道。
火影水门的行事风格开明，长老们多少有点害怕，宇智波一族权势凌驾相较之下仍然年轻的水门。
「宇智波在暗部的人数上限解除，未必不是一件好事。」卡卡西道。
办公室内师徒转向卡卡西。
「宇智波一族人数不会突然变多，他们要将族人部属在警务部，又要在暗部部属过多人马是不可能的。反倒是藉由解除人数上限的名义，正式将暗部宇智波人员进行统合，可以对宇智波一族的机密情报来源进行控制。」卡卡西道。
宇智波渗透暗部之所以具有威胁，并不完全在於宇智波具有反抗火影的武力，而是宇智波族人分散在暗部各个机密任务小队，宇智波一族因而掌握木叶大量机密资讯。